与世界自然和文化遗产一样，农业文化遗产也具有“突出的普遍价值”。所不同的是，作为以活态性、复合性、可持续性、多功能性、濒危性为主要特点的传统农业生产系统，农业文化遗产的“突出的普遍价值”有自己的内涵，主要表现在生态与环境价值、经济与生计价值、社会与文化价值、科研与教育价值、示范与推广价值等五个方面。这些价值从不同方面体现了农业文化遗产价值的多样性。充分挖掘农业文化遗产的多种价值，可为农业文化遗产保护和合理开发利用提供依据。

一是生态与环境价值。首先，农业文化遗产具有丰富的农业生物多样性，像青田的田鱼、哈尼梯田的红米与紫米、敖汉的小米、从江的糯禾、万年的贡米、绍兴的香榧、宣化的牛奶葡萄和普洱的古茶树资源等种质资源都具有重要的遗产价值，而且农业文化遗产的物种多样性、生态系统多样性甚至是景观多样性也很突出。其次，农业文化遗产系统具有多种生态服务功能，特别是控制水土流失、提高病虫与极端气候条件的抵御与适应能力、调节气候、涵养水源、提高土壤肥力、提高资源利用效率、控制农业有害生物、减少温室气体排放、维持农业生态系统稳定性等，从而使农业文化遗产地具有良好的生态与环境质量，改善了当地居民的生活条件，成为发展特色生态农产品的资源优势。

二是经济与生计价值。首先，独特的品种资源为发展特色农业、品牌农业奠定了生物资源基础，良好的生态条件为发展生态农业、有机农业提供了环境保障，浓郁的民族习俗与地域特色，促进了文化农业、休闲农业的发展，多物种互利共生减少了化肥农药投入，降低了生产成本，这些都有助于提高农产品的价格、扩大增收途径，提高农业生产的经济效益，增加农民收入。其次，农业文化遗产系统内的粮食、蔬菜、果品、肉类、油料、木材、药材、燃料、染料、糖料等等多种产出，提供充足营养，改善人们生活，确保食物安全，提高了当地居民的生计保障水平与福祉。

三是社会与文化价值。首先，贫困山区土地资源短缺，农村劳动力剩余较多，在一定程度上缓解农村剩余劳动力带来的压力，土地利用类型的多样化和资源管理的有效性、资源利用的多样性，提高了适应本地自然条件的生存能力。其次，包括农耕文化及与系统密切相关的乡村民约、宗教礼仪、风俗习惯、民间传说、歌舞艺术以及饮食文化、服饰文化、建筑文化等，丰富多彩，维持了文化多样性，促进了传统文化的传承，都具有重要的文化价值。

四是科研与教育价值。首先，农业文化遗产中蕴藏着许多科技秘密，生物种群间的相互作用机制，物种资源的遗传价值，生态系统服务功能，减缓与适应气候变化能力，社会文化系统的稳定性维持机制，对于现代生态农业和可持续农业发展的启示等，农业文化遗产为这些领域的多学科综合研究提供了天然实验室；其次，农业文化遗产还是重要的生态、文化、传统教育基地，为人们展示了先民的勤劳、勇敢与智慧。

五是示范与推广价值。首先，农业文化遗产中的传统知识与技术体系的示范与推广，农业文化遗产地是展示传统农业辉煌成就的窗口，为现代农业生产提供宝贵经验，为农业文化遗产保护提供实证案例，为可持续农业和国际农业发展提供示范案例。以稻鱼共生系统为例，由于它是一种典型的传统生态农业生产方式，具有增产、增收、节支等多种优点及改善农民生活等特点。因此，在适合发展稻鱼共生系统的地区，这种生产方式可进行推广。目前，中国有20多个省都有稻鱼共生系统，浙江青田的农业文化遗产稻鱼共生系统的保护经验对全国各地稻鱼共生系统具有重要示范与推广价值。其次，农业文化遗产重要价值与保护理念推广，目前国内外越来越多的地方积极申报就是一个明证。